Para a execução e desenvolvimento dos Projectos de Cooperação são preparados e assinados Acordos de Parceiros (incluindo Documentos de Projecto), onde se definem as parcerias, os objectivos, os produtos a atingir e as actividades para os alcançar.

As parcerias estabelecidas podem envolver, para além dos Ministérios homólogos, outras entidades públicas ou privadas da sociedade civil, laicas ou religiosas.

Privilegia-se o trabalho com entidades locais da sociedade civil, cometendo-lhes, em regra, a execução dos Projectos de Cooperação, pela sua proximidade com as populações e melhor percepcionarem e compreenderem os seus problemas.

Na elaboração dos Programas e Projectos de Cooperação, o GEP, através da área da cooperação, tem procurado seguir os seguintes princípios e linhas de orientação:

• acolher as necessidades e aspirações das populações alvo: através do diálogo e discussão permanentes, conseguir um consenso entre as prioridades dos países parceiros e os princípios e disponibilidades, físicas e financeiras;
  
  
• privilegiar a concentração geográfica no sentido de, em cada país parceiro, não existir uma dispersão de Projectos: sendo os recursos limitados, considera-se preferível centrar a ajuda em Projectos devidamente estruturados, ainda que em número reduzido, em vez de “espalhar” múltiplos pequenos Projectos, sem resultados significativos;
  
  
• utilizar recursos locais (humanos e materiais): sempre que existam, é-lhes dada preferência, em detrimento de recursos importados, privilegiando, deste modo, a ajuda não ligada;
  
  
• apostar na sustentabilidade: apoiar a criação de condições para que os Projectos se tornem progressivamente sustentáveis e envolventes, num processo de apropriação pelos seus beneficiários;
  
  
• apostar na flexibilidade, quer na implementação quer no desenvolvimento dos Projectos.

  A Área da Cooperação do GEP não se limita a um papel passivo, de mero financiador dos Projectos, antes procurando acompanhar a execução dos mesmos e avaliar os resultados alcançados.